Program Pascasarjana Universitas Papua, terdiri dari Program Magister dan Doktor untuk berbagai bidang ilmu, diantaranya yaitu:

1. Program S3 Ilmu Lingkungan
2. Program S2 Ilmu Pertanian
3. Program S2 Ilmu Peternakan
4. Program S2 Ilmu Lingkungan
5. Program S2 Kehutanan
6. Program S2 Sumberdaya Akuatik
7. Program S2 Biologi

Untuk informasi lengkap pendaftaran mahasiswa baru program pascasarjana Universitas Papua, tahun akademik 2020/2021, dapat dilihat pada link berikut ini: