Pendidikan PPs Unipa sebagai penyelenggara program Doktoral dan magister di Lingkungan Universitas Papua memiliki beberapa Program Studi Sebagai berikut: Program Doktoral Program Studi S3 Ilmu LingkunganProgram Studi S3 Ilmu Pertanian Program Magister Program S2 Ilmu PertanianProgram S2 Ilmu PeternakanProgram S2 Ilmu LingkunganProgram S2 Sumberdaya AkuatikProgram S2 Biologi