PPs Unipa sebagai penyelenggara program Doktoral dan magister di Lingkungan Universitas Papua memiliki beberapa Program Studi Sebagai berikut:

Program Doktoral

1. Program Studi S3 Ilmu Lingkungan

Program magister

1. Program S2 Ilmu Pertanian
2. Program S2 Ilmu Peternakan
3. Program S2 Ilmu Lingkungan
4. Program S2 Ilmu Kehutanan
5. Program S2 Sumberdaya Akuatik
6. Program S2 Biologi